Die Kompostierung in der Komposttoilette findet im aeroben Bereich statt, d.h. unter Luftzufuhr. Dazu ist es wichtig, dass der Kompost möglichst trocken gehalten wird (z.B. durch eine Urinseparation) und Material zur Auflockerung zugegeben wird, so dass Luft zirkulieren kann (z.B. Sägespäne, Laub oder Stroh).

In einem Plumpsklo finden anerobe Prozesse statt, d.h. Verrottung unter weitgehendem Luftabschluss. Dadurch können unangenehme Gerüchen entstehen und Keime sich besser vermehren.